A l’origine vraisemblablement "villa romaine", c’est à dire une ferme fortifiée, Commarin est mentionné pour la première fois en 1214, comme maison forte, puis Château fort.
Ses Seigneurs sont alors des cadets des Seigneurs de Sombernon, qui descendent de la première lignée des Ducs de Bourgogne.
Au 16ème siècle Commarin connaît d’importantes transformations avec de nombreuses réalisations dont :
– Décorations de la Chapelle, avec notamment de magnifiques statues, et une mise au tombeau en terre cuite.
– Réalisation d’un triptyque exécuté en 1526 pour Girard de Vienne, avec les portraits de sa femme et de lui-même.
– Réalisation d’une magnifique et unique série de tapisseries héraldiques et alchimiques, avec ses carreaux d’armoiries familiales qui alternent avec des carreaux de motifs symboliques.